Pemerintahan pada Zaman Pendudukan Jepang adalah pemerintahan militer

1. Bidang Politik

Pada masa awal pendudukan, Jepang menyebarkan propaganda yang menarik. Sikap Jepang pada awalnya menunjukkan kelunakan, misalnya:
a. mengizinkan bendera Merah Putih dikibarkan di samping bendera Jepang,
b. melarang penggunaan bahasa Belanda,
c. mengizinkan penggunaan bahasa Indonesia dalam kehidupan sehari-hari, dan
d. mengizinkan menyanyikan lagu Indonesia Raya.

Kebijakan Jepang yang lunak ternyata tidak berjalan lama.dan akhirnya jepang mebuat oraganisasi baru seperti :

a. Gerakan Tiga A
Gerakan Tiga A dibentuk pada bulan Maret 1942 dan diketuai oleh Mr. Syamsuddin. Gerakan Tiga A terdiri dari Nippon Cahaya Asia, Nippon Pelindung Asia, dan Nippon Pemimpin Asia. Tujuan gerakan ini adalah untuk menghimpun potensi bangsa guna kemakmuran bersama.

b . Pusat Tenaga Rakyat (Putera)
Pada tanggal 1 Maret 1943 Jepang membentuk Putera. Gerakan ini dipimpin oleh tokoh empat serangkai yaitu Ir. Soekarno, Drs. Moh. Hatta, Ki Hajar Dewantara, dan K.H. Mas Mansyur.

P utera bertujuan untuk memusatkan segala potensi masyarakat Indonesia dalam rangka membantu
usaha perangnya. Putera lebih bermanfaat bagi bangsa Indonesia daripada bagi Jepang.
c . Jawa Hokokai (Himpunan Kebaktian Jawa)
Pada bulan Maret 1944 pemerintah Jepang membentuk Jawa Hokokai.  Jawa Hokokai mempunyai tugas antara lain mengerahkan rakyat untuk mengumpulkan padi, besi tua, pajak, dan menanam jarak sebagai bahan baku pelumas untuk Jepang.

2. Bidang Ekonomi

Pada awal pendudukan Jepang, ekonomi Indonesia mengalami kelumpuhan  Untuk menormalisasi keadaan, Jepang banyak melakukan kegiatan produksi. dan menerapkan sistem autarki  . Sistem autarki adalah tiap-tiap daerah diharapkan dapat memenuhi kebutuhannya sendiri.

3. Bidang Sosial

Pada masa Jepang banyak rakyat Indonesia yang dipaksa menjadi romusha. Mereka dipaksa bekerja keras tanpa diberi upah dan makanan. Akibatnya banyak romusha yang meninggal dan terjangkit wabah penyakit. Karena kemelaratan yang dialami para romusha tersebut, muncul golongan baru yang disebut golongan kere atau gembel.

Jepang juga mengatur sistem stratifikasi sosial dalam masyarakat. Stratifikasi sosial pada masa pendudukan Jepang terdiri dari:
a. Golongan teratas yaitu golongan Jepang.
b. Golongan kedua yaitu golongan pribumi.
c. Golongan ketiga yaitu golongan Timur Asing.

4 . Bidang Militer

Dalam rangka memperkuat kedudukan dalam Perang Pasifik, Jepang melakukan mobilisasi para pemuda untuk dibina dalam latihan militer. Oleh karena itu Jepang membentuk organisasiorganisasi semimiliter dan organisasi militer. Lihat tabel 2.4

5. Bidang Budaya

Pada masa pendudukan Jepang, bahasa Indonesia diizinkan digunakan dalam komunikasi. Sebaliknya, bahasa Belanda tidak boleh digunakan. Papan nama dalam toko, rumah makan, atau perusahaan yang berbahasa Belanda diganti dengan bahasa Indonesia atau bahasa Jepang. Surat kabar dan film yang berbahasa Belanda dilarang beredar.